
L'arcipelago indonesiano è attraversato da un confine invisibile, una linea che non si trova su nessuna mappa, ma che per la natura è praticamente invalicabile. Si chiama Linea di Wallace e separa dal punto di vista ecologico e faunistico la regione asiatica e quella australiana. La linea deve il suo nome ad Alfred Russel Wallace, un naturalista ed esploratore britannico dell'Ottocento coetaneo di Charles Darwin che arrivò alle sue stesse conclusioni sull'evoluzione quasi anticipandolo. Durante i suoi viaggi nell'arcipelago malese (raccontati nel celebre libro "The Malay Archipelago"), in cui studiò oltre 125.000 esemplari, notò che la fauna cambiava improvvisamente di isola in isola. A ovest della linea trovava animali tipicamente asiatici: tigri, rinoceronti, elefanti e scimmie. A est questi sparivano per lasciare posto a un mondo popolato dai mammiferi marsupiali (come canguri), dai koala e uccelli tipici dell'Oceania, come i cacatua.
L'esempio lampante di questo fenomeno sono le isole di Bali e di Lombok che distano solo 35 km l'una dall'altra, circa come Napoli e Ischia. Eppure, la loro fauna – l'insieme delle specie animali – è completamente diversa come se appartenessero a due continenti molto lontani.

Come è possibile che ci sia una differenza così netta in così poco spazio? La risposta è da ricercare nella geologia di questi luoghi. Nonostante la teoria della tettonica a placche fu ipotizzata negli anni 30′ del Novecento, Wallace intuì che la causa era legata alla storia antica delle terre emerse. Infatti, le due isole poggiano su piattaforme continentali diverse: ù
- A ovest c'è la piattaforma della Sonda, collegata all'Asia (Giava, Sumatra, Bali e parte del Borneo)
- A est c'è la piattaforma di Sahul, che univa Australia, Nuova Giunea e Tasmania

Nel Pleistocene, l'abbassamento del livello del mare durante le glaciazioni permise alla fauna terrestre di migrare attraverso le piattaforme, collegando le isole separate da fondali bassi. Tuttavia, la profondità dello stretto tra Bali e Lombok, intorno ai 250 metri, impedì la formazione di ponti terrestri. Oltre alla barriera fisica dell'acqua, lo stretto è caratterizzato dal forte passaggio di correnti oceaniche e da forti venti che limitano la diffusione anche degli uccelli. Wallace per le sue osservazioni e i suoi studi è considerato il padre della biogeografia, la scienza che studia la distribuzione della vita sulla Terra nello spazio e nel tempo.
Il biologo Thomas Henry Huxley – colui che diede il nome alla linea Wallace nel 1868 – modificò la parte settentrionale del confine basandosi su uno studio più approfondito degli uccelli. Tracciò quindi la Linea di Huxley, in quanto secondo le sue teorie, la fauna delle Filippine presentava differenze marcate rispetto a quella asiatica. Tracciò quindi la cosiddetta Linea di Huxley spostando il confine più a ovest.
Fu suggerita anche un'altra linea, chiamata Linea di Weber, tra le Molucche e Sulawesi e tra le Isole Kei e Timor, che lo zoologo tedesco Max Weber pensava dividesse ancora meglio la fauna delle due regioni. La zona compresa tra Linea di Weber e di Wallace è chiamata Wallacea.
L'Indian Administrative Service Zoology riporta alcuni esempi tangibili della distribuzione delle diverse specie tra queste aree. Quasi la totalità dei mammiferi orientali si ferma nel Borneo e a Giava, pochissimi raggiungono Sulawesi e Bali e nessuno attraversa le Molucche e le Piccole Isole della Sonda. I mammiferi australiani si fermano in Nuova Guinea, in pratica, la sovrapposizione tra la fauna australiana e quella orientale in Wallacea è minima. Per quanto riguarda i rettili, la maggior parte di quelli orientali non attraversa la linea di Wallace e nessuno si estende oltre la linea di Weber. Mentre alcuni uccelli orientali si estendono fino alla Nuova Guinea e alcune specie australiane si spingono oltre la linea di Wallace. Nello specifico, il 75% degli uccelli di Lumbok sono di origine asiatica ma a Bali solo il 14,5% è di uccelli australiani.
Questa zona del mondo è stata importante anche per l'evoluzione umana, qui hanno vissuto l'Homo floresiensis e l'Homo luzonensis – caratterizzati dalla loro bassa statura – e i Denisoviani asiatici arrivati circa 400.000 anni fa dimostrando che per l'uomo la Linea Wallace non era un confine invalicabile.